Wie wirkt sich das Niedrigwasser auf die Ökosysteme aus? Wenig Wasser im Fließgewässer bedeutet in aller Regel, dass sich der Anteil an gereinigtem Abwasser deutlich erhöht. Zwar werden viele Schad- und Nährstoffe in den Kläranlagen entfernt, doch vor allem die verbliebenen Mengen an Stickstoff und Phosphor kurbeln das Algenwachstum an. Dies kann insbesondere in den stehenden Bereichen vor Staustufen dazu führen, das der Sauerstoffgehalt durch die Atmung der Algen bei Nacht so weit absinkt, dass Fische und andere Wassertiere sterben. Erschwerend kommt hinzu, dass sich bei hohen Temperaturen weniger Sauerstoff im Wasser löst und gleichzeitig der Sauerstoffverbrauch der Wasserlebewesen zunimmt. Richtig prekär wird es für im Wasser lebende Tiere und Pflanzen, wenn ganze Gewässerabschnitte völlig austrocknen, wie etwa 2018 geschehen. Ein Totalverlust der Lebewelt ist dann die Folge. Von einem niedrigen Wasserstand besonders betroffen sind zudem die Auengebiete und Altwässer entlang der Flüsse. Sie trocknen zunehmend aus, so dass diese sehr artenreichen und ökologisch wertvollen Lebensräume zu verschwinden drohen.