Ludger Stühlmeyer wurde 1961 im Bistum Osnabrück in einer Musikerfamilie geboren und trat seine erste Stelle im Mai 1980 an der St.-Petruskirche in Melle am Teutoburger Wald an. 1988 wechselte Stühlmeyer in das Bistum Münster, wo er im östlichen Münsterland Seelsorgebereichskantor wurde. Damals hatte diese Stelle für die Kirchenmusik Modellcharakter zur Erprobung eines neuen Stellenprofils.
Nach dem Abitur am Gymnasium in Melle studierte Ludger Stühlmeyer zunächst Kirchenmusik, Alte Musik und Gesang an der Hochschule für Künste in Bremen. Weitere Studien folgten im Fach Gregorianik bei Luigi Agustoni an der Theologischen Fakultät Lugano in der Schweiz und beim Theologen und Kantor Godehard Joppich an der Folkwang-Hochschule in Essen. Das Kompositionshandwerk erlernte er bei den Komponisten Günther Kretzschmar in Bremen, Helge Jung in Berlin und Karlheinz Stockhausen in Köln, einem der renommiertesten Komponisten der Neuzeit.
1988 entschloss er sich mit dem Wechsel in das Bistum Münster an der Westfälischen Wilhelms-Universität Münster zu einem weiteren Studium der Theologie, Philosophie und Musikwissenschaft, das er mit der Promotion zum Doktor der Philosophie abschloss.