Eine wichtige Stadt entlang der Magistrale ist Bayreuth – als Festspiel- und Universitätsstadt ist sie auf eine gute Bahnanbindung angewiesen. Die Elektrifizierungslücke hier im EU-Kernnetz zu schließen, „wäre ein starkes politisches Signal für die verstärkte Westanbindung der osteuropäischen Mitgliedstaaten der EU sowie der Ukraine“, sagte Oberbürgermeister Thomas Ebersberger (CSU). Das Bundesverkehrsministerium hätte diese überregionalen Potenziale jedoch ignoriert. „Überdies wurden sämtliche Bewertungsprämissen systematisch zum Nachteil der Franken-Sachsen-Magistrale ausgelegt.“ Ebersberger sagte weiter: „Wir fordern sowohl eine sofortige Revision der tendenziösen Nutzen-Kosten-Untersuchung als auch eine baldige politische Entscheidung zur Weiterplanung.“ Der Raum zwischen Hof, Nürnberg und Regensburg gelte als die größte „Dieselinsel“ in Mitteleuropa, die Franken-Sachsen-Magistrale als die meist frequentierte Dieselstrecke in Deutschland, betonte der Bayreuther OB. „Da hier veraltetes Lok- und Zugmaterial mit besonders hohen Diesel-Verbräuchen und Emissionen eingesetzt wird, ist sie auch die schmutzigste Bahnstrecke in Deutschland.“