Joko musste sich in der ersten Amtszeit immer wieder vorwerfen lassen, nicht muslimisch genug zu sein. Daraufhin holte er sich einen bekannten Geistlichen an die Seite, Ma'ruf Amin, der mehrfach Stimmung gegen Homosexuelle gemacht hatte. Der 76-Jährige wird nun Vizepräsident. Der Präsident selbst gilt als liberal.
Bei der Parlamentswahl, die zeitgleich mit der Präsidentenwahl stattfand, wurde Jokos Demkratische Partei des Kampfes (PDI-P) als stärkste Kraft bestätigt. Prabowos Partei Gerindra landete auf Platz zwei.
Der Verlierer kündigte am Dienstag an, "mit allen legalen Mitteln" gegen das Ergebnis vorzugehen. Zugleich rief er seine Anhänger auf, Ruhe zu bewahren. Der ehemalige General ist ein früherer Schwiegersohn des langjährigen Diktators Suharto. Bereits vor fünf Jahren hatte er den Wahlausgang angefochten - ohne Erfolg.
Überschattet war die Wahl von zahlreichen Todesfällen. Nach jüngsten offiziellen Zahlen kamen mehr als 500 Helfer während der Auszählung ums Leben, größtenteils wegen gesundheitlicher Probleme wie völliger Erschöpfung, aber auch durch Unfälle. An den Zahlen gab es im Ausland Zweifel. Experten weisen jedoch darauf hin, dass so viele Todesfälle angesichts der Dimension der Wahl nicht so ungewöhnlich sind.