1992 trat der praxisorientierte Funktionär die Nachfolge des Visionärs Willi Daume als NOK-Präsident (bis 2002) an - und erlebte am Ende eine der bittersten Stunden seiner Laufbahn. Bei einer Kampfabstimmung um die Wiederwahl verlor er gegen Klaus Steinbach. "Ich bin unzufrieden und fühle mich ungerecht behandelt", beklagte Tröger damals tief getroffen. "Natürlich ist das nicht der Abgang, wie ich ihn mir vorgestellt habe."
Großes Renommee erwarb er sich im IOC. Die "Frankfurter Rundschau" nannte ihn einst den "ewigen Olympier". Von 1989 bis 2009 war er IOC-Mitglied und wurde anschließend zum Ehrenmitglied ernannt. Als Chef de Mission führte er die deutsche Olympia-Mannschaft von 1976 bis 2002 achtmal bei Spielen an. Seit Tokio 1964 erlebte Tröger 27 Olympische Spiele.
Der frühere Basketballer war nicht nur ein Kenner des Weltsports, sondern auch ein Mann mit Einfluss, der seine Meinung klar äußerte und polarisierte. So behauptete er anlässlich des zehnjährigen Bestehens des Deutschen Olympischen Sportbundes (DOSB), dass die Fusion aus NOK und dem Deutschen Sportbund (DSB) falsch und auch der Grund für das Scheitern der drei in diese Zeit fallenden Olympia-Bewerbungen gewesen sei.
Auch bei den Olympischen Spielen in Rio hielt er sich bei der Diskussion um einen kompletten Ausschluss Russlands wegen systematischen Dopings und die Ablehnung des Banns durch das IOC nicht zurück. "Es wäre gut, wenn das IOC in dieser Frage ein Beispiel setzt. Es geht um die Glaubwürdigkeit des Sports", sagte Tröger damals.
Überhaupt stellte er dem IOC kein gutes Zeugnis aus. "Olympia ist in der Krise", befand er anlässlich seines 90. Geburtstages im Februar 2019. Die Menschen glaubten trotz der Reformagenda 2020 des IOC nach wie vor, dass es bei Olympischen Spielen nur um Geld und Prestige gehe, aber nicht um die Interessen der Ausrichter. Deshalb gebe es in Städten von Ländern, die wirklich geeignet wären, kaum noch Interesse an den Spielen. Deshalb habe es das IOC nur noch mit "Hinterwäldlern" zu tun, "die keine Ahnung haben und gar nicht olympisch denken".
Dies kann man dem streitbaren Funktionär selbst nicht vorwerfen, der den Ehrentitel "Mr. Olympia" zutreffend fand. "Ich habe Olympia viel gegeben - und Olympia hat mir viel gegeben", bilanzierte Tröger.
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