Die Züge der Kategorie Regionalexpress (RE) fahren im Stundentakt zwischen Nürnberg, Bamberg, Lichtenfels, Coburg und Sonneberg. Im mittelfränkischen Abschnitt rollen diese Züge immer in Doppeltraktion. In Oberfranken findet abwechselnd in Bamberg und in Lichtenfels eine Zugteilung statt, in der Gegenrichtung nach Nürnberg eine Vereinigung zweier Züge. In Bamberg wird alle zwei Stunden ein Triebwagen nach Würzburg automatisch abgekoppelt. In der Stunde dazwischen erfolgt in Lichtenfels die Abtrennung eines Zugteils über Kronach und Saalfeld nach Jena-Saalbahnhof.
Die Züge der Kategorie Regionalbahn (RB) pendeln stündlich zwischen Bamberg, Lichtenfels und Kronach, wobei jeder zweite Zug über Ludwigsstadt nach Saalfeld weiterfährt. In Bamberg besteht jeweils Anschluss zwischen den RB-Zügen und der S-Bahn nach Nürnberg.
Durch die sukzessive Umsetzung dieses Fahrplankonzeptes entstehen in den kommenden Wochen stündlich umsteigefreie Verbindungen zwischen Kronach und Bamberg sowie zweistündliche Direktverbindungen von Kronach nach Nürnberg.
Fahrgäste aus dem Raum Hof, Bayreuth und Kulmbach erhalten mit den Dieselneigetechnikzügen in Lichtenfels beziehungsweise Bamberg stündlich Anschluss zu den Franken-Thüringen-Express-Zügen.