Um in den Schulen eine möglichst hohe Sicherheit zu erreichen, setzt Bayern zudem auf feste Klassenformationen, Durchmischungen etwa wegen verschiedener Kursangebote, soll es keine geben. Zudem sind die Schulen gehalten, viel und regelmäßig zu lüften. Wenn möglich sollen auch moderne Luftreinigungssysteme zum Einsatz kommen. Zwischen dem 24. August und dem 18. September 2020 erhalten Lehrkräfte und weiteres Schulpersonal zudem die Möglichkeit zur Teilnahme an kostenlosen Reihentestungen auf Covid-19.
Bereits ab 35 Neuinfektionen pro 100.000 Einwohner soll zudem an allen weiterführenden Schulen wieder eine Maskenpflicht im Unterricht eingeführt werden - auch hier kann die Schule dies nur umgehen, wenn die Räumlichkeiten als Alternative den Mindestabstand von 1,5 Metern zwischen den Schülern ermöglichen.
Zunächst bis zu den Herbstferien, diese beginnen am 31. Oktober, wolle der Freistaat den Kommunen die Zusatzkosten für zusätzliche Schulbusse erstatten, sagte Staatskanzleichef Florian Herrmann (CSU). Dafür stehen 15 Millionen Euro bereit. Auf diese Weise sollen überfüllte Fahrten verhindert werden. Auch in den Bussen gilt die Maskenpflicht für alle Schüler. Herrmann betonte, dass es zudem sinnvoll wäre, den Schulbeginn zu staffeln. Dadurch werde die Anfahrt in der Frühe und der Schülerauflauf in den Pausen entzerrt, dies helfe auch in den Ballungszentren, wo viele Schüler zur Anfahrt S-Bahnen und U-Bahnen sowie normale Linienbusse nutzten.
Für den Fall, dass es doch zu Schulschließungen kommt, dies war nach den Ferien auch in anderen Bundesländern immer wieder der Fall, sollen neue Standards im Distanzunterricht und verbesserte technische Angebote Probleme wie im Frühjahr verhindern. Landesweit sollen 250 000 neue Computer und Laptops für Schüler und 120 000 für Lehrer angeschafft und verteilt werden.