Die im romanischen Stil erbaute Wehrkirche wurde nach Ausführungen von Pfarrer Heinrich Fuchs im Hussitenkrieg 1430 in Mitleidenschaft gezogen. Die Hussiten hatten von Böhmen kommend zuerst Marienweiher heimgesucht, dann Marktschorgast niedergebrannt. Unter dem Brand hatte wohl auch die Kirche leiden müssen. Eine Renovierung beziehungsweise einen Umbau erfuhr sie einige Zeit später. Das ursprünglich einschiffige Gebäude wurde nun um ein zweites Schiff erweitert, das vom ersten durch eine Säulenreihe getrennt ist. Als zweischiffige Hallenkirche präsentiert sich St. Jakob in Marktschorgast heute noch und stellt mit dieser besonderen Bauweise eine Seltenheit dar. Sie weist in unserer Gegend lediglich Ähnlichkeit mit der Nagelkapelle im Bamberger Dom auf, die ungefähr gleich groß und ebenfalls eine zweischiffige Hallenkirche mit einer Säulenreihe in der Mitte ist.
Als Erbauer beider gilt Hertnid von Stein, der im Jahre 1459 in das Bamberger Domkapitel aufgenommen wurde und wenig später die Ämter des Domdekans und auch des Propstes des Stiftes St. Jakob in Bamberg verliehen bekam. Damit dürfte sich auch seine Verbindung mit Marktschorgast erklären lassen. Es wird angenommen, dass er die Pfarrkirche St. Jakob in Marktschorgast nach dem Vorbild der Nagelkapelle errichten ließ.
Das Gotteshaus erlebte während seiner über 900-jährigen Geschichte mehrere Baumaßnahmen. In den Jahren 1979 und 1980 wurde die Pfarrkirche unter Pfarrer Markus Brendel von Grund auf renoviert und so umgebaut und umgestaltet, dass sie den liturgischen Erfordernissen entsprach. Mit der Konsekration des neuen Altares durch Weihbischof Martin Wiesend am 20. Juli 1980 endete das umfangreiche Bauprojekt. In den vom Kronacher Bildhauer Heinrich Schreiber neu geschaffenen Altar wurden in einem "ausgesparten Grab" auf dem Altartisch die Reliquien des heiligen Soterius, der heiligen Klara, des heiligen Vincentius und des heiligen Petronielis im Beisein von Pfarrer Markus Brendel und Gustav Hübner, einem Mitarbeiter der ehemaligen Baufirma Karl von Thienen eingemauert.
Ehe Weihbischof Wiesend am Ende des Festgottesdienstes seinen bischöflichen Segen erteilte und Glückwünsche übermittelte, zeigte Bürgermeister Josef Kofer in einem geschichtlichen Abriss auf, dass die Kirche nicht nur dem Lobe Gottes, sondern als Wehrkirche mit Mauern, Türmen und Gräben einst auch dem Schutz der Bürger diente.
Zum Festgottesdienst sang damals der Kirchenchor unter Leitung von Hauptlehrer Franz Friedrich. Beim Ein- und Auszug spielten die Bläser aus Marktschorgast.