In rund 80 Prozent der Fälle werden die Stammzellen laut DKMS-Homepage der Blutbahn entnommen. Es ist keine Operation notwendig. Bei der Knochenmarkspende wird dem Spender unter Vollnarkose mit einer Punktionsnadel aus dem Beckenkamm Knochenmark entnommen. Dabei genügen normal zwei kleine Einschnitte im Bereich des hinteren Beckenknochens.
Welches Entnahmeverfahren gewählt wird, richtet sich in erster Linie nach den Bedürfnissen des Patienten beziehungsweise der sich daraus ergebenden Anforderung seiner Ärzte. Beide Transplantate enthalten die gleichen Blutstammzellen, aber auch andere Zellen wie Lymphozyten und andere Stammzellen, und deren Zusammensetzung ist unterschiedlich.
Knochenmark verursacht weniger Abstoßungsreaktionen, damit aber auch weniger erwünschte Immunreaktionen gegen die Leukämie, und die Zeit der fehlenden Immunabwehr nach der Spende ist länger. Daraus ergibt sich als grobe Regel: Je jünger der Patient (Abstoßung problematischer), und je weniger bösartig die Erkrankung ist, desto eher will man mit Knochenmark transplantieren.